Was hat der Compiler mit der Sprache zu tun? C ist C egal, ob mit gcc, dem C-Compiler vom M$, oder was auch immer.
Kleine Unterschiede gibt es sicher immer. So kennt der avr-gcc z.b. die Namen der Register und man kann die somit wie Variablen verwenden. Der Rest sind reine, wieder in C geschriebene Bibliotheken die von der IDE mitgebracht werden.
Allerdings kann der avr-gcc nicht nur C sondern auch dessen Erweiterung C++.