Secondo me la soluzione più semplice è quella di scrivere una libreria tua che: 1) carichi la libreria che usi per comandare le reflex; 2) istanzi la classe adeguata alla fotocamera memorizzata in Eeprom e la passi allo sketch sotto forma di classe generica così da usare ad esempio un metodo Reflex.scatto per scattare la foto indipendentemente dal tipo di fotocamera.
PS:
per creare una lib, prendi spunto da qui:
e poi apri e studia una lib già scritta