Bonjour,
si tu paramètres 2 interruptions, même en attaquant directement les registre de l'Atmel, avec des niveaux de priorités différentes, quand une va se lancer, à moins que la suivante soit prioritaire(à vérifier), l'interruption va forcément bloquer le programme jusqu'à ce qu'elle ait finie son traitement.
Peut etre que le contenu de ton interruption doit juste comporter la mise à 1 d'un flag, et ton 'loop' boucle en testant les flags. dès qu'un est à 1, alors il va lire le résultat.