Boa pergunta! Não sei correctamente a resposta, por isso vou dar a minha opinião e deixarei o resto para outro membro mais experiente.
Há várias versões de "Arduino" (ou placas Arduino). Mas eu diria que "Arduino" é mais que uma placa (ou um conjunto de placas) é uma maca é uma mas principalmente uma filosofia. Já havia antes a filosofia código aberto (open source - principalmente para software, como é lógico) e com o Arduino aparece o hardware aberto (open hardware).
Eu sei que estou a "enrolar um bocado" e a fugir à questão, mas isto é apenas para enquadrar a minha resposta. Sendo assim, Arduino é uma plataforma de HW aberto, eu diria que principalmente identificada pelos "escudos" (shields) que são placas de circuito impresso que encaixam nas placas controladoras e têm as suas ligações (pinos) em locais definido. Portanto isto é a filosofia "Arduino"/"open hardware", depois a marca é outra coisa. Aqui pode encontrar os produtos da "marca Arduino" (ou melhor, aqueles que de alguma forma contribuem para o projecto).
Chegados a este ponto, a resposta já está enquadrada e posso ser mais concreto. Chamo a atenção para o facto de lá atrás ter utilizado a expressão "placas controladoras", isto porque, há várias. As mais simples possuem microcontroladores de 8 bits (não sei de que área é mas, pela pergunta, imagino que não seja de electrónica, assim, um microcontrolador é um microprocessador já com alguns periféricos incorporados na mesma pastilha), as mais "potentes" têm possuem microcontroladores de 32 bits.
Esta é a parte importante da minha resposta e o motivo pelo qual eu estive a "vaguear". Os microcontroladores de 32 bits, são dispositivos que suportam Linux, sendo assim, são autênticos "computadores" a correr Linux, e desta forma, suportam qualquer linguagem de programação que suportaria um ordinário PC a correr Linux (ou GNU/Linux como diz o Sr. Richard Stallman, se preferir). Isto é pode usar Java, Phyton, C/C++, etc.
Esta é a parte que eu já não consigo ajudar, porque já não é bem a minha área, mas penso que por exemplo o Arduino Yún e o Arduino Tre pertencem a esta categoria. Depois há outros projectos (não oficiais, porque não constam na tal página que indiquei), como o PCDuino ou outros deste género (penso que há mais mas só me vem este à cabeça, penso que por razões obvias: PC + Arduino = PCDuino).
Existe ainda outro projecto deste género, que embora, também tenha seguido a filosofia "open hardware", não seguiu a dos "shields" (e ligações padronizadas), por isso eu não considero que seja "Arduino", embora esteja directamente relacionado pela questão do open hardware (e principalmente pelo preço - cerca de 25USD), que é o Raspberry Pi.
Estes são os processadores "potentes" que correm Linux, como disse, todos os outros (ou que eu utilizo) não correm Linux, por isso apenas podem ser programados em C/C++, pelo menos com o IDE fornecido pelo grupo Arduino. Poderá sempre programar com outra linguagem (nem que seja pelo menos Assembler), mas aí já terá que encontrar outra forma de programar que não passa pelo IDE oficial.
Chamo mais uma vez a atenção para o facto de todos as placas e material em geral que não está listada na página que forneci não contribuírem para o projecto Arduino, por isso na minha óptica devem ser evitadas, para que o projecto continue a crescer, ou pelo menos se mantenha.
Peço desculpa pelo "testamento" e complexidade da resposta, mas penso que a pergunta assim o obrigava (se leu e entendeu penso que concordará e verá que se fosse de outra forma não conseguiria passar toda a informação em condições).
PS.: como demorei muito tempo a responder, ma altura de submeter a resposta, já tinha havido alguém que se tinha adiantado, no entanto, não vou alterar uma virgula.