Lire deux capteur d'humidité a intervalle différent non bloquant.

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Il suffit de déplacer tes if dans la fonction concernée :

  if  (humidite == LOW) {
    digitalWrite(ledhumide, HIGH); // Allumer LED humide
    digitalWrite(ledsec, LOW); // Eteindre Led sec
  }

  if  (humidite == HIGH) {
    digitalWrite(ledsec, HIGH); // Allumer Led sec
    digitalWrite(ledhumide, LOW); // Eteindre LED humide
  }

déplacé dans togglecapthumidite qui devient :

void togglecapthumidite ()
{


int humidite = digitalRead(capthumidite); // Lecture de l etat du détecteur 1

if  (humidite == LOW) {
    digitalWrite(ledhumide, HIGH); // Allumer LED humide
    digitalWrite(ledsec, LOW); // Eteindre Led sec
  }

  if  (humidite == HIGH) {
    digitalWrite(ledsec, HIGH); // Allumer Led sec
    digitalWrite(ledhumide, LOW); // Eteindre LED humide
  }

  // remember when we toggled it
  capthumiditetimer = millis ();
}  // end of togglecapthumidite

et même chose pour l'autre fonction