Oui, le toggle humidité se fait toutes les 3 minutes et, avec la modification, les leds s'allument au moment de la mesur d'humidité.
Mais celle du niveau se fait toutes les 3 secondes, tu devrais voir les leds s'allumer plus souvent.
Tu peux enlever les deux lignes digitalRead du setup et les remplacer par les deux appels togglexxx