Lock bit issue when burning Leonardo bootloader

I’m trying to re-flash my Leonardo’s bootloader with a JTAGICE3 on Linux, but avrdude fails writing the lock bits. Any ideas?

I configured the JTAGICE3 programmer in Arduino by adding the following to programmers.txt:

jtagice3.name=JTAGICE3
jtagice3.communication=usb
jtagice3.protocol=jtag3isp
jtagice3.program.protocol=jtag3isp
jtagice3.program.tool=avrdude
jtagice3.program.extra_params=-Pusb -B22

But the “Burn Bootloader” command fails as shown below:

Arduino: 1.6.5 (Linux), Board: "Arduino Leonardo"

/opt/arduino/hardware/tools/avr/bin/avrdude -C/opt/arduino/hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -v -patmega32u4 -cjtag3isp -Pusb -e -Ulock:w:0x3F:m -Uefuse:w:0xcb:m -Uhfuse:w:0xd8:m -Ulfuse:w:0xff:m 

avrdude: Version 6.0.1, compiled on Apr 14 2015 at 19:04:16
         Copyright (c) 2000-2005 Brian Dean, http://www.bdmicro.com/
         Copyright (c) 2007-2009 Joerg Wunsch

         System wide configuration file is "/opt/arduino/hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf"
         User configuration file is "/home/niten/.avrduderc"
         User configuration file does not exist or is not a regular file, skipping

         Using Port                    : usb
         Using Programmer              : jtag3isp
avrdude: usbdev_open(): Found JTAGICE3, serno: J30200023799
         AVR Part                      : ATmega32U4
         Chip Erase delay              : 9000 us
         PAGEL                         : PD7
         BS2                           : PA0
         RESET disposition             : dedicated
         RETRY pulse                   : SCK
         serial program mode           : yes
         parallel program mode         : yes
         Timeout                       : 200
         StabDelay                     : 100
         CmdexeDelay                   : 25
         SyncLoops                     : 32
         ByteDelay                     : 0
         PollIndex                     : 3
         PollValue                     : 0x53
         Memory Detail                 :

                                  Block Poll               Page                       Polled
           Memory Type Mode Delay Size  Indx Paged  Size   Size #Pages MinW  MaxW   ReadBack
           ----------- ---- ----- ----- ---- ------ ------ ---- ------ ----- ----- ---------
           eeprom        65    20     4    0 no       1024    4      0  9000  9000 0x00 0x00
           flash         65     6   128    0 yes     32768  128    256  4500  4500 0x00 0x00
           lfuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           hfuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           efuse          0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           lock           0     0     0    0 no          1    0      0  9000  9000 0x00 0x00
           calibration    0     0     0    0 no          1    0      0     0     0 0x00 0x00
           signature      0     0     0    0 no          3    0      0     0     0 0x00 0x00

         Programmer Type : JTAG3_ISP
         Description     : Atmel AVR JTAGICE3 in ISP mode
         Vtarget         : 5.1 V
         SCK period      : 22.22 us

avrdude: AVR device initialized and ready to accept instructions

Reading | ################################################## | 100% 0.18s

avrdude: Device signature = 0x1e9587
avrdude: erasing chip
avrdude: reading input file "0x3F"
avrdude: writing lock (1 bytes):

Writing | ################################################## | 100% 0.00s

avrdude: 1 bytes of lock written
avrdude: verifying lock memory against 0x3F:
avrdude: load data lock data from input file 0x3F:
avrdude: input file 0x3F contains 1 bytes
avrdude: reading on-chip lock data:

Reading | ################################################## | 100% 0.00s

avrdude: verifying ...
avrdude: verification error, first mismatch at byte 0x0000
         0xff != 0x3f
avrdude: verification error; content mismatch

avrdude done.  Thank you.

Error while burning bootloader.

I don't know for sure, but I now suspect this is related to this avrdude bug. I tried dropping in a replacement avrdude built from SVN, but it promptly segfaulted.

So I'm giving up on using the jtagice3 with Arduino for now. I recovered the Leonardo after digging up an old Bus Pirate to use as a programmer instead.