se lo stepper perde passi hai un problema.
che poi il problema sia correggibile via software è un altro paio di maniche. 
nel caso di un cnc la correzione dei passi la fai con i finecorsa sapendone le posizioni e la distanza, quindi quando fai lo "zero macchina".
non è possibile correggere la posizione durante la lavorazione (non conviene), conviene invece fermare tutto e ricalibrare e possibilente correggere la causa della perdita di passi.
i mei 2 uF.