Leo, siccome sei tu, ti faccio la prova, anche se so già i risultati irreali che verranno fuori 
ed infatti...
Con questo codice, funziona. Il ciclo stampa a seriale "Non Loggato".
LCD mostra i sensori e via dicendo.
Serial.println (contatore);
if (millis()>contatore) { //sono passati 55 s
contatore=millis()+55000;
/*
Serial.println ("Dati Loggati.");
lcd.setCursor(2, 0); // localizzazione per segno logging
lcd.write(0); // richiamo carattere custom 0, grado ° - indice log
//DataLogging
myFile = SD.open(nomefilelog, FILE_WRITE);
myFile.print(now.unixtime()); // seconds since 2000
myFile.print(", ");
myFile.print(now.year(), DEC);
myFile.print("/");
myFile.print(now.month(), DEC);
myFile.print("/");
myFile.print(now.day(), DEC);
myFile.print(" ");
myFile.print(now.hour(), DEC);
myFile.print(":");
myFile.print(now.minute(), DEC);
myFile.print(":");
myFile.print(now.second(), DEC);
myFile.print(", ");
myFile.print(tout); // tout DHT
myFile.print(", ");
myFile.print(hout); // rh out DHT
myFile.print(", ");
myFile.print(tin); // tin DHT
myFile.print(", ");
myFile.print(hin); // rh in DHT
myFile.print(", ");
myFile.print(T1); // h20
myFile.print(", ");
myFile.print(T2); // hot
myFile.print(", ");
myFile.print(mediaHz); // media dei valori di luce dall'ultimo log
myFile.print(", ");
if (A3 == HIGH) { //status pin A3 - SSR
myFile.println("1");
}
else {
myFile.println("0");
}
myFile.close();
*/
}
else {
Serial.println ("Non loggato");
}
Se tolgo il commento, si blocca tutto.
L'unica cosa che appare in seriale è:
Initializing SD card...initialization done.
e poi basta, lcd vuoto ecc.
Bello eh? ammettilo che sei perplesso 
Prossimamente dovrò fare un "porting" e passare dalla lib SD dell'IDE al SDfat, perché tinywebserver utilizza quella e non ha senso averne due ad occupare spazio.
Ovviamente proverò anche con la nuova libreria per vedere se si riproduce l'errore.
Ed ora vado a farmi un bel bagno caldo 
P.s.
al solito, grazie del tempo che perdete a starmi dietro.
L'ho già detto che senza il forum probabilmente non avrei fatto nulla?
