Salut tout le monde,
J'utilise ce makefile personnellement : http://www.arduino.cc/playground/uploads/Learning/Makefile
Le seul point important est de bien ajouter les includes et les prototypes de fonctions en haut des sketch avant de compiler.
Sinon pour les féniasses qui ont l'interpréteur ruby sur le pc il y a ce makefile w/ toolkit qui marche comme l'ide arduino mais en ligne de commande :