La interfaz I2C y la interfaz SPI están mapeados en pines diferentes. En Leonardo la interfaz I2C la tienes en los pines 2 y 3 además de en el extremo inferior izquierdo viendo la placa desde el USB (marcados con SDA y SCL).
La interfaz SPI está mapeada directamente en los pines del programador.
La compunicación serie:
USB nativa se maneja con el objeto Serial.
UART (pin 0 y 1) se maneja con el objecto Serial1.