Medir millisegundos entre dos entradas

Hola gente

Necesito hacer un contador de tiempo entre dos entradas, para medir la velocidad de respuesta de un disyuntor diferencial.
El caso es el siguiente:
En la entrada 1 le inyecto 5V permanente
Luego en algún momento en la entrada 2 le doy un pulso y me tiene que medir desde éste último evento hasta que la entrada 1 baje a 0V
rango de medición menor a 30 mseg
pensaba hacerlo con interrupciones, ya que el arduino uno tiene dos enradas para interrupciones, pero he leído que en las interrupciones los millis quedan congelados.
No sé como avanzar
Si alguno me da una pista le agradezco

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