[Risolto] si fa per dire 
ho fatto molte prove
In pratica in quell'arduino 2560 posso caricarci lo sketch definitivo una volta sola.
Se decidessi di cambiare sketch devo prima ricaricare il bootloader e poi il nuovo sketch allora così funziona.
Non capisco perchè, ma una sovrascrittura di un altro programma non me la fa fare.
Se il 16U2 (chip per la USB) avesse il boot partito non mi farebbe fare nulla nemmeno la prima volta, deduco io.