Noch ein letzter Versuch:
Kopier das mal ins Command Fenster:
D:\Programme\Arduino-1.0.1\hardware/tools/avr/bin/avrdude -CD:\Programme\Arduino-1.0.1\hardware/tools/avr/etc/avrdude.conf -v -v -patmega2560 -cstk500v2 -P\\.\COM1 -Uflash:w:C:\Users\Jens\AppData\Local\Temp\build6488118538803969649.tmp\Blink.cpp.hex:i
Kann sein, dass das Verzeichnis "build6488118538803969649.tmp\Blink.cpp.hex" jetzt schon ein anderes ist. Der einzige Unterschied zu dem was die IDE macht ist "-v -v" statt "-v -v -v -v" damit reduziert sich die Ausgabe.