Was mir da auffällt: es fehlen die 2 Keramik-Kondensatoren zwischen Vcc und GND: 100nF. Die sind wirklich wichtig und sollten nicht weggelassen werden.
Ich hab die früher auch oft weggelassen und mir so 20 Cent und 3 Minuten Lötzeit erspart, mir aber dadurch immer wieder "lustige, unberechenbare Fehler" eingehandelt 
die spannungsversorgung und den programmer nehme ich vom arduino-board, aus welchem ich den atmega-chip entfernt habe.
Verstehe ich jetzt nicht ganz.
Unter "Programmer" wird meist ein Isp-Programmer verstanden. So etwas kann man auch mit einem Arduino machen, dann wird aber der Atmega gebraucht ("Arduino as ISP"), den kannst du nicht entfernen.
Programmieren kann man auch mittels Bootloader, das würde mit entferntem Atmega gehen, dann braucht der Chip den du programmieren willst aber einen Bootloader. Da ist dann kein Programmer im Spiel, sondern "nur" ein USB-UART-Wandler. Dabei ist noch die Frage, wie der Reset ausgelöst wird. Entweder muss igendwie die Reset-Leitung mit dem Reset des Boards verbunden sein oder du drückst selbst den Reset-Knopf zum richtigen Zeitpunkt.
Was sind denn eigentlich "atmega-on-a-breadboard-sets"?
Hast du einen Link dazu?
Hab schon oft "nackte" Atmegas verwendet. Mit und ohne Bootloader, mit internem oder externem Tackt, mit 3 oder 5 Volt, mit 1 oder 8 oder 16 MHz. Aber so ein Set noch nie