sciorty:
Perchè la sconsigliano? Io ho partecipato ad un progetto che consisteva nel misurare un livello dell'acqua e la soluzione proposta da altri consisteva proprio nell'usare un sensore ad ultrasuoni. Ero molto scettico perchè in quel momento stavo svolgendo la mia tesi proprio sulla comunicazione ad ultrasuoni, ma sott'acqua.
Il mio timore era che l'onda sonora venisse "assorbita" dall'acqua e, nella peggiore delle ipotesi, rimbalzata in modi diversi, creando sovrapposizioni e falsando i risultati.
Mi sono dovuto ricredere: anche misurando il livello d'acqua all'interno di un baker con un diametro di neanche 10 cm ed un altezza di 15 (che dovrebbe essere uno scenario worst case per le riflessioni, secondo me), il livello dell'acqua era misurato con una risoluzione nell'ordine di circa 1-2cm.
Abbiamo provato anche specchi d'acqua di vasche più grandi, posizionando il sensore a varie altezze e sempre all'interno del suo range di misura, riscontrando incertezze pienamente accettabili.
Ora, non so se l'hai provato e non ti soddisfa per qualche motivo, ma in caso contrario ti posso garantire che anche visto il costo ne vale assolutamente la pena provarci.
Inoltre è una soluzione "asciutta" e che non ti comporta i problemi di avere cose immerse.
In alternativa, ci sono tante altre soluzioni: boe, sensori resistivi ecc.. Tutto dipende dalla variazione che ti aspetti.
P.s: perdona l'ignoranza, ma com'è fatta una cisterna da 500 quintali? 
Leggevo, ma a questo punto mi viene il dubbio sull'affidabilità della fonte, che potrei avere false campionature, dovute a perdite fisiologiche del sensore ( stiamo parlando comunque di un delta misurazione di circa 4 metri) e a rimbalzi nella vasca delle onde ad ultrasuoni.
La mia idea per ovviare questo problema era quella di mettere 3 sensori ad ultrasuoni di tipo HY-SRF05 e fare la media matematica dei 3 valori. In questo modo il margine di errore si dovrebbe di molto attenuare.
Se poi questo valore "medio" lo faccio campionare ogni minuto, e l'output e quindi la mia % mi viene restituita sulla media di 10 campionature in 10 minuti, dovrei essere esente da errore ( o almeno molto molto vicino alla realtà ).
Questa era la mia idea.
Poi si può anche migliorare ancora inserendo un sensore di temperatura.
Sappiamo che la velocità del suono è di 343,4 m/s a 20 °C , con un sensore di temperatura, applicando una proporzione potrei cambiare il dato T ed avere una misurazione più precisa, ma non so se effettivamente mi occorre.