Come dice Astro ... e per aggirare la cosa, semplicemente, si usano dei divisori all'ingresso (prescaler) ... in effetti ci sono diverse possibili soluzioni, ma le due piu comuni sono i prescaler ed i contatori esterni ...
Quella dei contatori esterni, comunque, e' una soluzione che era usata in passato, ma ormai non si usa piu ... ... si mandavano gli impulsi da contare ad una catena di contatori esterni in grado di funzionare a frequenze maggiori di quelle del micro che gestiva il tutto (pensiamo ai vecchi micro a 4 o 8 MHz, mentre dei normali contatori HCT funzionavano tranquillamente anche a 70 e passa MHz ... e con la base dei tempi leggevi una volta al secondo i contatori (il mio primo frequenzimetro non aveva neppure un micro, parliamo del '75, era una semplice catena di contatori decimali attaccati ai display attraverso dei latch, con una base tempi quarzata e basta ... e funzionava pure
:D)
Rimane il prescaler, che e' un divisore velocissimo, di solito per 32, 64, 128, 256 o 512, dipende dal modello ... basta dire al micro che ogni impulso in uscita dal divisore sono 256 o 512 impulsi (o quello che e' l'uscita del prescaler), ed hai gia moltiplicato il fondoscala del tuo frequenzimetro
... ovviamente, perdi la lettura delle ultime cifre, ma in genere per frequenze molto alte, non le si considera neppure ... ad esempio, se hai un frequenzimetro che legge 10MHz e gli metti un prescaler da 256, diventa da 2.5GHz (teoricamente, perche' poi bisogna considerare la frequenza massima del prescaler ... in genere comunque funzionano sul GHz e poco piu, quindi avresti comunque uno strumento in grado di leggere almeno 1GHz) ... a quel punto, ovviamente, perdendo le ultime 3 cifre, leggeresti ad esempio 945.234 KHz, e sapere che la frequenza e' 945.234.102 Hz oppure 945.234.105 Hz non te ne fregherebbe molto, perche' nel campo delle microonde non esiste praticamente nessun filtro con pendenze simili ... 
Diverso e' il caso di apparati da laboratorio usati per misure campione o certificazioni, che leggono in GHz con risoluzioni di 1Hz o addirittura 0.1Hz ... ma a questo punto siamo nel campo di strumenti talmente costosi e complessi che praticamente nessun hobbysta potrebbe permettersi ... ad esempio, un Tektronix MCA3040, che non e' neppure il massimo, dato che arriva "solo" (:P) a 40GHz, costa in media la modica cifra di 13.000 dollari ... e c'e' anche "robaccia" da quasi 100GHz, mooooooolto piu costosa
