Mit Transistor 12 V Schalten

aber löst das schon das Problem das der Lüfter ohne Signal läuft??

Ja.

und würde die diode jetzt stören ja oder nein okay habe gerade nochmal auf

Ja, stört

http://www.arduino-tutorial.de/2010/08/spannungsregler-2/
geschaut dort hat der Stefan das genau so geschaltet mhh

Hat er nicht. Stefan verbindet nicht einen Teil der Schaltung mit der Masse vor der Diode und einen Teil nach der Diode wie Du es machst.
Ich habe Dir eine Lösung aufgezeigt. Ob Du sie annehmen willst oder nicht ist Deine Sache. Ich werde Dir aber keine 2. Antwort geben da ich die Lösung bereits gegeben haben.

Grüße Uwe