Por si alguno revisa este post.
La solución anterior era incompleta. Las acciones realizadas ayudaron a mejorar la función de lectura del módulo SR04 pero el verdadero problema esta con la librería Stepper.
Cuando ejecutas el método Step de la librería para posicionar el motor donde quieres, de los 4 pines, 2 de ellos se quedaban en HIGH. Después de muchas pruebas, poniendo los 4 pines a LOW antes de ejecutar la lectura del sensor SR04, me ha funcionado correctamente. Incluso he subido las rpm 100 y también funciona bien.