In der Regel werden auf Arduino-Boards Atmega328 eingesetzt, daher spricht aus meiner Sicht nichts dagegen, den jetzigen Atmega168 für das Projekt auf einer separaten Platine zu verwenden und das Arduino-Board für spätere, größere Projekte "upzugraden". Dieser 328er muss dann natürlich mit einem Arduino-Bootloader ausgestattet werden, aber das sollte ja auch machbar sein.
Zur Projektumsetzung für das Treppenlicht würde ich die gesamte Entwicklung auf dem Arduino durchführen und erst wenn alles hundertprozentig läuft auf die eigene Platine umschwenken.
Viel Spaß bei der Umsetzung, wir helfen bei Fragen natürlich gern weiter.