Yo empecé también con un proyecto arduino+php y se puede pero no es fácil ni estable (hasta donde yo llegué)
Así que me cambié a Python que si lee tanto la base de datos como el serial y se comunica con la placa arduino sin problemas.
Estoy terminando con la versión 1.0 que básicamente hace lo que describes, en cuanto la tenga rematada la posteo.
Además utilizo php para configurar parámetros y encender y apagar desde html pero solo guarda en una db, luego python es el que se encarga de enlazar esos datos con arduino.
Hoy por fin he conseguido que python arranque como servicio de windows (al final me ha parecido fácil y todo) con lo que el servidor está siempre disponible aunque se reinicie y nadie inicie una sesión.
El proyecto que tengo en marcha maneja grupos de sensores que se pueden activar y desactivar para poder ir cambiando la ubicación de los mismos, etc... ya que cuando intentaba cambiar un sensor en caliente se solía colgar el proyecto.
Un saludo.