Als Energiequelle kannst du durchaus den Motoradakku hernehmen - bis dir den der Arduino leerlutscht ist dein Bike über alle Berge...
Generell würde ich es unterlassen am Fahrzeugsystem generell etwas zu verändern, dh. statt die eingebauten Blinker würde ich Zusatzbeleuchtung wählen. Oder, falls wirklich wichtig, wenigsten eine galvanische Trennung über Optokoppler vornehmen. Kein Mensch weiß, was alles passieren kann, wenn dir der Arduino eine Fehlfunktion beschert. Ich hatte mal einen Audi 80, da ging auf einmal der Heckscheibenwischer nicht mehr - was allerdings nicht am Scheibenwischer lag, sondern an einem eingeklemnmten Kabel im Türkontakt der Beifahrerseite - Habs nur durch Zufall beim Saugen entdeckt und behoben - hab ich mich gewundert, als dann der Heckwischer wieder ging, hab vorher so ziemlich alles probiert und mich dann mit dem Defekt abgefunden...