ok, dann bin ich wohl wieder am Anfang 
Wie kann ich das Board denn so setzten, dass es nur noch auf das Signal auf Pin 2 oder 3 reagiert und ansonsten möglichst NICHTS macht, bzw so weng energie wie möglich verbraucht? Dachte mit dem sleep sei das getan ? ...
Mit einem Arduino BOARD geht das gar nicht. Entfern mal den Arduino komplett aus dem Board und mess den Stromverbrauch. Entweder Du benutzt einen nackten Chip, verzichtest auf den Quarz (RC Oscillator verwenden) und teilst den Takt runter auf 1MHz oder Du bekommst nie wirklich einen niedrigen Stromverbrauch hin.
Wenn Du das aber tust, dann kannst Du locker in den zweistelleigen Mikroampere Bereich oder sogar drunter kommen.
Ich versteh dein problem nicht - deine Batterie am Motorad hat doch minimum 15 aH - da könntest du den Arduino wochenlang dranhängen, wenn du den Sleep benutzt.
wieso sollte die sleep routine nur möglichst kurz laufen? Was wäre dann die Alternative dazu?
wakeUpNow() ist ein InterruptHandler. Auf das bezog sich mein Kommentar.
ISR laufen vorrangig vor anderem Code und können daher keine delay() oder Serial.write() etc. enthalten.
Da nach wakeUpNow() dein sleepNow() wieder aufgewacht ist und weiterläuft, kann eigentlich alles nötige auch dort enthalten sein.