Läuft da ein Brushless-Motor? Wenn ja dann kann man keine Dioden anschließen.
Die Brushlessregler vom Chinamann z.B. können Drecksäue sein was die Versorgungsspannung angeht. Ich habe es covern können mit dicken sauberen Masseverbindungen. Wenn du einen Zentralen Akku hast wo der Fahrtregler und der Ardu dran sind mit ner Sauberen Masse dann solltest nur das Summensignal nutzen Masseschleifen sind nicht immer so nett evtl mal einnen 100nF und 10nF Kondensator als an die Versorgung direkt vorm Arduino setzen als "Filter".
Evtl sind auch die Last-Leitungen zu nach am Arduino.
Gruß
DerDani