Hola. Se me ocurre que intercales un led encendiéndose con el siguiente también encendiéndose y luego empieces a apagar, de tal forma que quede más o menos así, que creo que es lo que quieres:
-Enciende pin 1
-Enciende pin 2
-Apaga pin 1
-Enciende pin 3
-Apaga pin 2
-Enciende pin 1
-Apaga pin 3
Si no me he equivocado, creo que la secuencia es correcta. 
EDITO: Creo que para lo que quieres hacer debes declarar las variables fuera del FOR y empezar a encender el LED cuando la primera variable haya alcanzado un valor mínimo que tú estimes. En cuanto esté delante de un ordenador te lo explico mejor.