Neanch'io (ho letto il thread).
L'unico suggerimento che mi viene da dare è quello di utilizzare le piazzole ICSP, saldarci 6 pin, prendere un programmatore esterno e provare a riscriverci sopra il bootloader ufficiale della Leonardo/Micro. E vedere se così viene gestita dall'IDE di Arduino. Altrimenti, se anche così non va, scrivere gli sketch via ICSP bypassando il bootloader.