Mmmm ... 
Non conosco bene la Yún, ma guardano il reference i pin 2 e 3 sono usati solo per il bus I2C :
TWI: 2 (SDA) and 3 (SCL)
... e se non hai nulla su I2C ... dovrebbero essere liberi.
Onestamente al momento non mi viene in mente null'altro ... ci vorrebbe qualcuno che conosce bene la Yún per essere sicuri della compatibilità del tutto ...
Hai provato a scrivere al fornitore per sapere se ci sono incompatibilità con la Yún ???
Guglielmo