Creo que estas conmutando los reles directamente desde un pin de AVR. Si fuese así, lo que puede pasar es que el consumo total de las salidas del AVR este excediendo sus limites.
Un esquemático ayudaría para ver como esta todo conectado y que no se excedan los limites. Después el código ayudaría (sobre todo la inicialización de los pines) para ver que las salidas están bien configuradas y que no están como entradas con pullup (por ejemplo).