No me cargan los sketch

Buenas a todos,

Tengo un problema, y no entiendo por qué sucede.
Realicé un sketch bastante largo y usé una tarjeta Mega 2560 para cargarlo y ponerlo en un sistema. Luego resultó que a la hora de la verdad esto no iba como quería y entonces por no desmontar el sistema entero y como tenía más Arduinos en casa decidí dejarlo así y probar con los de casa a resolver los errores.

Pues bien estoy usando un Ethernet Board R3 y un Arduino Uno R3. Cuando voy a cargarles el programa a cualquiera de ellos me dicen que he sobrepasado en limite de memoria que tienen por lo que tengo que reducir el código. Voy comentando partes y me quedo con la que fallaba para testear que los cambios que he hecho funcionan.
Y el problema llega ahora, intento cargar la versión reducida y no soy capaz en ninguno de ellos... Se queda compilando toda la vida y dice cosas de estas:
Exception in thread "Thread-5" java.lang.StackOverflowError
at java.util.regex.Pattern$BmpCharProperty.match(Pattern.java:3366)
at java.util.regex.Pattern$GroupHead.match(Pattern.java:4168)
at java.util.regex.Pattern$Neg.match(Pattern.java:4598)
....

De esto sale mil y nunca termina de compilar. ¿Qué sucede? ¿Cómo puedo arreglar esto? Porque he probado a reiniciar el PC, los Arduinos, a desconectarlos del USB, a apagar el PC, a intentar cargar un ejemplo de los de arduino el Blink concretamente y funciona bien y se carga correctamente... ¿Qué hago?

Gracias.