Bueno, una buena noticia, al final una tontería, comprobé los puertos y tanto como en propiedades del pc y en el programa de arduino estaban en el COM14, luego me metí en tipo de placa y tenía la duemilanove y la cambíe a UNO y funcionó.
Me pasa algo un poco extraño, en windows me tarda mucho en iniciar el programa y el uploader al arduino, sin embargo en linux va como un rayo. Tengo la versión del software 1.0, es decir la última. Bueno si alguien me puede aclarar esto, si le pasa a alguien mas que me lo diga y si no tampoco es una cosa que me vaya a preocupar mucho.
Bueno doy al post como SOLUCIONADO.
Muchas gracias a todos por el interés. XD