Noteiro BL700 , Arduino e Interface Teclado

Para zerar o contador, basta fazer contador = 0;
Caso queira realizar o acionamento de saidas com base no número da grana que entrar, você pode usar um switch. Tipo assim:

 // Para a contagem
   contarPulsos = false;   
   // Realiza ação de acordo com a quantidade de pulsos. Por enquanto, só um print do valor para verificar o código
   Serial.println(contador);

switch(contador){
case 2: digitalWrite(LED, HIGH); //caso 2 reais, pisca LED no pino 13 duas vezes
            delay(1000);
            digitalWrite(LED, LOW);
            delay(1000);
            digitalWrite(LED, HIGH);
            delay(1000);
            digitalWrite(LED, LOW);
            contador = 0; //zera o contador
break;
case 5: 
            //pisca o LED 5 vezes, basta repetir o caso 2 cinco vezes

            contador = 0; //zera o contador
break;
}

Dentro do seu SETUP inclua o seguinte:

pinMode(LED_BUILTIN, OUTPUT);