um sensor de infra-vermelhos parece-me ser a tua melhor hipótese.
http://www.pages.drexel.edu/~pyc23/ir_sensor.html
Se a semente passar, perde-se o "contacto" óptico e podes contar isso. Terás de prestar atenção à electrónica e capacitâncias do circuito antes de ligares ao arduino com essas velocidades. Mas deve funcionar. 