Saludos compañeros, estoy por realizar un proyecto en el cual necesito 4 entradas las cuales entran en estado alto y bajo, y requiero de 4 salidas en binario, esto es en la entrada tengo 1001 y que a la salida me arroje 0011, alguna sujerencia 
Escribe una table de equivalencias, y lo asignas a un vector (array) tal que cuando las entradas tengan un valor XXXX binario habra una salida YYYY.
algo asi
byte tabla[16] = {tendras 16 valores separados por comas};
el correspondiente a 1001 = 9 será 0011 = 3
los elementos van de 0 a 15 por lo que el 8 sería tabla[8] = 3;
si tienes algo asi para leer las entradas
Supongo que conectas al pin 5 el bit mas importante (izq), 4, 3 y 2 el menos importante (derecha).
byte valor = digitalRead(2) + digitalRead(3)<<1 + digitalRead(4)<<2+ digitalRead(5)<<3;
// y con este valor ubicas la salida restandole 1
Serial.print("Salida:");
Serial.println(tabla[valor-1]); // si la entrada fuera como tu dices tendrías tu salida
Ahi tienes la idea básica.