Ma tu intercetti l'overflow del timer 1....
ISR(TIMER1_OVF_vect){
secondsBecauseOverflow += SECONDS_PER_TIMER0_OVERFLOW;
}
Inoltre ho notato anch'io la variabile timer0_overflow_count, ma non è come dici. Se noti è contenuta nella routine di intercettazione dell'overflow del timer 0 e che viene aggiornato con la stessa frequenza con cui viene aggiornato il contatore dei millisecondi. Quella variabile la riusano per estrarre il numero di microsecondi.