Comincia a esporre cosa vuoi realizzare (senza arlare dibcodice). A quello arriveremo dopo, se sarà necessario (perché se ti basta fre sempkicemente on/off non lo é).
Quanto al problema tensione led personalmente andrei di optoisolatore e relé, osì si distaccano al meglio le due linee.
Se, infine, carichi uno scatch che fa qualcosa, poi carichi un altro scatch che fa altro, ma Arduino continua a fare qualcosa significa che non hai caricato l'altro scatch. Controlla bene