Eine neue Datei wird üblicherweise erzeugt, wenn der Openlog startet.
Da du nirgends explizit in den Kommando-Modus gehst, sollte er eigentlich alles was auf RXi reinlommt, abspeichern.
Ist das mit dem Serial1.Ausgabe-Pin verbunden ? ( Die einfachsten Fehler zuerst , auch wenn's peinlich wäre 
Die Beispielsketche funktionieren einwandfrei wenn ich den Arduino über USB verbunden habe
Das mit USB versteh ich jetzt nicht.
Dein Arduino ist ein MEGA2560 ? ( weil du Serial1 verwendest )