oddio che confusione. Con un arduino puoi programmare un altro arduino QUALSIASI boot-loader.
Però non so se lo sketch che fa da "ponte" sia compatibile con il mega (ma credo proprio di sì). ci sono delle ottime guidi di menniti su ciò.
il watchdog non si incanta, è il firmware che si incanta, il watchdog se ne accorge e resetta il micro
non vedo come il boot-loader possa influenzare la cosa, forse confondi il boot-loader arduino con quello del modulo RF.
puoi anche mettere un link a questi moduli? non sono ufficiali, e quindi ci serve capire che modelli sono, che revisione, cosa fanno etc..