Lo que yo hago es establecer una comunicación entre un archivo html almacenado en una SD y el arduino. Lo que tu quieres hacer es activar un relé en función de unos valores de un termómetro o un accionamiento manual. Lo que yo haría sería declarar una variable booleana que controlara la apertura y cierre de los relés y establecer condicionales para modificar esa variable. Me explico, si el termómetro da cierta temperatura digo que la variable booleana (vamos a llamarla rele) es verdadera (rele=true), entonces pongo un condicional que abra el relé cuando la variable rele=true, y al contrario cuando rele=false. Haz que las órdenes que des de manera manual modifiquen también es variable, de este modo tanto el accionamiento automático como el manual estarán trabajando sobre la misma variable y serán complementarios.
Saludos!