mmm..no IDE no di sicuro almeno al momento non mi pare nel codice ci sia traccia di IDE.
Ha dato un pò di warning ma ha terminato il lavoro.
Dopo aver clonato il repo, questo in locale punta alla versione in sviluppo, quindi io ti direi di postare
i messaggi di errore.
Nel mio caso (Fedora 17) la versione in sviluppo usa autoconf-2.69 e io ho 2.68 e quindi non funge.
La versione 4.10 invece è compatibile con F17.
git tag
Ti fa vedere una lista di tag.
git checkout 4.10
HEAD punta alla versione 4.10.
Conviene sempre non sporcare il repogit locale, crea un tar.bz2 e scompattalo da qualche parte e lavori su questo.
./bootstrap --help
./bootstrap -c cancella tutto quello che ha creato bootstrap, dovrebbe pulire tutto l'albero
./bootstrap -p non so con precisione cosa fà, ma credo che abbia a che fare con l'installazione
Non c'è molta documentazione su questo rtems. smiley-sweat
Ci sei cascato anche tu, c'è c'è e che è nascosta e frammentata.
http://www.rtems.org/onlinedocs/releases/rtemsdocs-4.10.2/share/rtems/html/index.html
Si compilano librerie, tools di configurazione e strumenti a riga di comando, quali ancora non lo so e figurati
se so come si usano 
Per AVR, in avr-libc list dicono che lavora con RTEMS senza applicare patch dalla v1.8.0.
Purtroppo non c'è supporto per le board che abbiamo noi, di recente è stata introdotta la BSP (Board Support Package) ST32F4, ma non funziona la ethernet.
Se cerchi sul tubo rtmes qualcosa esce.
Se mi dici la tua distro, vado a vedere se ci sono pacchetti pronti per la tua, anzi no naviga qui http://www.rtems.org/ftp/pub/rtems/linux/4.10/. Ci sia arriva da RTEMS Project cliccando RTEMS General Information: Download
Non mi chiedere altro, perché ne so quanto ne sai tu.