Il file brd lo crea in automatico, prima disegni lo schema elettrico (file *.sch) quando hai finito clicchi sull'icona "board" e ti dovrebbe comparire una finestra con scritto "The board bla bla bla tuo file.brd does not exist. Create from schematic?" Clicca su yes e ti crea il file brd.
Se lo hai già ma non è collegato al file sch, cancella il file brd e faglielo rigenerare.
Ciao