Grazie per le varie risposte ... anche indirettamente mi avete chiarito le idee
Anch'io penso che avrei meno disturbi su arduino con una schema così. Però il mio dubbio, a questo punto più teorico che pratico, riguarda la possibilità che nascano correnti parassite sul collegamento fra i negativi (GND dell'intero pacco).
I carichi reattivi dei motori potrebbero avere come effetto secondario quello di generare questo tipo di correnti (di questo sono abbastanza sicuro). Quello che non riesco a valutare è la loro entità!
Per fare le cose stra-bene penso che fra arduino e la sua batteria ci metterò un regolatore.
p.s. cfg l'ho usato per abbreviare 'configurazione' 
buona serata a tutti