Entonces la conexión sería de la siguiente manera:
VCC -> +3.3V (3V3)
GND -> GND
SCK/SCK2 -> SCK del SPI del Arduino
SDI1/SDI2 -> MOSI del SPI del Arduino
SS1 -> cualquier pin digital que no esté ocupado por SPI
SS2 -> cualquier pin digital que no esté ocupado por SPI, ni por SS1
LED -> cualquier pin digital que no esté ocupado por SPI, ni por SS1, ni por SS2; en serie con una resistencia de 100 ohms si la salida es de 3.3v
Los pines de que vayan a ser conectados a los SS y LED, deben declararse como OUTPUT.
Supongo que las librearías que menciona TFTLCDCyg se encargarán de manipular los pines SS cuando sea necesario.