Me rectifico, si es la salida típica, esta comprobando si hay alguna actualización del programa. Todo normal, en ese sentido no hay error.
ya realice esto tambien y pasa lo mismo, adicionalmente prove la instalacion del jdk de oracle y sigue igual. Lo unico que me falta es probar descargando el archivo tools.jar de arduino para ver si este archivo es el problñema pero no aparece en el repositorio de github.
bueno lo ultimo que se me ocurre es buscar el problema por la tarjeta gráfica, intenta en una consola
sudo apt install mesa-utils
y luego
glxgears
Si sale todo bien veras unos engranajes rotando
en efecto hay problemas con la grafica
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