Hallo,
dafür benötigt man keinen 2. µC. Takt vom Timer erzeugen lassen und in aller Ruhe anderes Signal einlesen. Meinetwegen auch von einem Timer wenn es sein muss. Die laufen unabhängig voneinander. Erst die eigentliche CPU kann nur alles nacheinander abarbeiten. Die sitzt davon jedoch ein ganzes Stück weg und würde nur noch ein wenig Kontrollarbeit leisten vom Programm her.
Was der TO eigentlich machen möchte könnte er durchaus verraten.