Das geht schon! Es geht im Prinzip darum, den Wert von Variablen zu verändern, zweckmäßigerweise einfach über die USB-Schnittstelle vom Arduino, alternativ kommt auch eine Datenübertragung über das Netzwerk in Frage, dann brauchst Du noch ein Ethernet-Shield. PC-seitig geht das wohl mit Processing u.a., im Playground ist zu dem Thema einiges zu finden. Ich habe sowas kürzlich mit Visual Studio 2010 in C# gemacht, das funktioniert wunderbar (also mit der USB-Schnittstelle). Wenn es übers Netz gehen soll, könnte man auch ein Web-Interface machen und das dann mit dem Browser aufrufen und bedienen, das ist aber schon mehr Programmieraufwand.