Passaggio da arduino uno ad arduino due

c'è una scheda due perfettamente programmata e funzionante su un dispositivo che comanda un pistone pneumatico alla chiusura di relè che hanno in input fotoresistenze. Io ho ripetuto nel mio piccolo su arduino uno un circuito con fotoresistenze e "ho fatto pratica" nella scrittura del codice java. Ora io dovrei interfacciarmi con la scheda due tramite usb e adattare l'applicazione a quei sensori. Che tipo di problemi potrei avere?