Welchen Port auslesen im Handler?
Die ATmega IO-Ports (http://www.arduino.cc/en/Reference/PortManipulation), ist fast das selbe with digitalRead() aber viel schneller und alle Eingänge auf einmal. Ein paar boolsche Operatoren und Du hast sofort den richtigen Index, um den Counter zu erhöhen bzw. die Zeit zu stoppen.