Hai visto bene: se attivi l'oscillatore interno per liberare i 2 pin del clock, devi modificare il core di Arduino per poter indicizzare quei piedini perché di default il core non permette di accedervi.
Sul pin di reset io desisterei: ti servono obbligatoriamente i 12V sul suddetto pin per poter riflashare il micro. Sei sicuro di voler correre il rischio? ]
C'è Mike che ti aspetta col suo programmatore già caldo e fumante 