Tu peux mettre tes pages php sur un serveur externe, y accéder depuis la Mega 2560 avec un shield Ethernet, faire un traitement complémentaire sur la Mega qui utilise par exemple des données de la mémoire SD du shield, et renvoyer une nouvelle page html en retour.
Pour du lourd, il a RaspberryPi, ou un vrai serveur qui ferait l'essentiel du travail, juste alimenté en données par la Mega.