Isto é uma discussão tão antiga quanto estas:
Mac vs PC
iOS vs Android
Canon vs Nikon
VHS vs Beta
O que importa na realidade é isto:
- Qual o componente com o qual te sentes mais à vontade?
- Quais os periféricos, memória, capacidade de processamento vais precisar de usar para esse projecto?
- Para qual dos componentes tens ferramentas de desenvolvimento (gravadores, compiladores, bibliotecas) ?
O resto é escolha pessoal. Se fores ver os tipos de PICs e os tipos de AVRs, vais reparar que eles têm chips quase idênticos... as diferencas estão nas gamas altas ou baixas em que ambas as companhias preferiram apostar em segmentos diferentes.
Logo a questão é mesmo em termos de preferência, custo e ferramentas e não capacidade.